José Manuel Leceta va començar la seva carrera a la indústria el 1987, primer a Espanya i després a Finlàndia, França i Japó, unint-se al Centre per al Desenvolupament Tecnològic Industrial (CDTI) el 1992 com a membre de la delegació espanyola de l’Agència Espacial Europea (ESA). Va ser nomenat cap del Departament de Tecnologies i Aplicacions Espacials al CDTI; va ser president del Consell del Programa de Llançadors Ariane i vicepresident del Consell del Programa de Telecomunicacions per Satèl·lit de l‘ESA. També va ser director internacional del CDTI i membre actiu de l’Espai Europeu d’Investigació (ERAC; anteriorment CREST) i representant d’alt nivell Eureka i TAFTIE.

Va ser director de l’Institut Europeu d’Innovació i Tecnologia (EIT) amb seu a Budapest, entre el juliol del 2011 i el juny del 2015 on va jugar un paper capdavanter en la consolidació de les seves primeres Comunitats d’Innovació i Coneixement (KICs, en anglès: Knowledge and Innovation Communities), fomentant així el reconeixement de l’Institut com un nou actor en el panorama europeu. Des de l’agost del 2014 va ser també professor visitant a l’Institut Centre Robert Schuman d’Estudis Avançats de l’Institut Universitari Europeu (EUI) de Florència, Itàlia.